（1）：我司是否可以依据《劳动合同法》第36条规定，与员工协商解除劳动合同？会不会与第42条第3款有关不得解除劳动合同的规定抵触？

可以依据《劳动合同法》第36条规定，与员工协商解除劳动合同。与第42条第3款无关，第42条第3款主要是针对劳动合同法第四十条第一项的规定而言的。和劳动合同法第36条无关。

（2）：如果不可解除劳动合同，是否可以遵从员工意愿，根据《劳动合同法》第40条第1款之规定与员工解除劳动合同，并按规定给予N+1的经济补偿？除此以外，是否还需要给予医疗补助费？怎么给？

依据这个规定需等医疗期满后劳动者不能从事原工作 也不能从事另行安排的工作时。医疗补助费需进行劳动能力鉴定被鉴定为1-6级的情况下方可享有6个月的医疗补助费。

广东省高级人民法院、广东省劳动人事争议仲裁委员会《关于劳动人事争议仲裁与诉讼衔接若干意见》【粤高法发[2018]2号】

十一、劳动者患病、非因工负伤医疗期满后，经劳动能力鉴定委员会鉴定为完全丧失劳动能力或大部分丧失劳动能力，不能从事原工作、也不能从事由用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按规定支付经济补偿并支付不低于六个月工资的医疗补助费。

（3）：如若涉及经济补偿，是否适用12年封顶的年限规定？还是必须按照员工的工作年限（14年2个月）参照相关标准给予补偿？

在2018年8月8日起在广东范围内不再适用12年的封顶的年限规定，根据年限支付14.5个月的经济补偿即可。

广东省高级人民法院、广东省劳动人事争议仲裁委员会《关于劳动人事争议仲裁与诉讼衔接若干意见》【粤高法发[2018]2号】

十、原劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》废止后，经济补偿月数上限、工作年限不满六个月经济补偿计发月数、经济补偿的计发基数问题统一适用《劳动合同法》第四十七条的规定。

根据《劳动合同法》第九十七条第三款的规定，《劳动合同法》施行之日存续的劳动合同在该法施行后解除或终止的，依照《劳动合同法》第四十六条规定用人单位应当支付经济补偿的，补偿年限从该法施行之日起计算。在《劳动合同法》施行前，按照当时的规定用人单位应当支付经济补偿的，仍适用当时规定。

根据目前的劳动法律法规，暂时无其他更好的处理方式。