1.请问这份保密与不竞争协议应该盖什么章？

应加盖公司公章。

2.如果加盖了人力资源章是否会影响协议效力？

通常企业成立后凭《企业法人营业执照》可刻制公章，除公章外，企业还可刻制合同专用章、财务专用章在工商局备案。一般来说，这三枚印章是具有代表企业法人行为的、对外具有法律效力的印鉴。然后现实中企业内设部门刻制印章的情况也十分普遍，其中包括人事专用章，被广泛运用于签订劳动合同、实施管理惩戒（发出警告信）、晋升（晋升通知），甚至还包括出具解除劳动合同通知书也加盖人事专用章。然根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位印章的规定》（国发〔1993〕21号）相关规定，企业事业单位刻制印章，应到当地公安机关指定的刻章单位刻制。这里的印章应当包括除公章、合同章以外的专用印章。这也意味着通常人事专用章应经本单位领导后前往公安机关指定印章单位刻制，否则存在程序瑕疵。 实际上，大部分企业的人事专用章均未经上述法定程序，这使得因此引发的争议较为普遍。一类争议为员工诉请该类印章无效；二类争议为劳动者（包括人事经理、人事总监）持有加盖人事专用章的证据（如提成清单、奖金协议）主张权益，而用人单位以未刻制该类印章否定证据效力。从目前的司法实践来看，虽然人事专用章系企业内设部门刻制，但其仍具有较高的证明力，特别是当劳动合同、警告信、解除通知还附有人力资源经理的本人签名，其作为职务行为代表公司行为具有反映公司意志的证明效力。故劳动者以人事专用章非公司公章主张劳动合同无效并进而诉请双倍工资一般不予支持；但同时员工持有加盖人事专用章的收入证明、提成清单、奖金通知等诉请工资差额、奖金差额、提成工资等，常也具有极高的证明力。如果公司不能提供有关内部印章管理办法的政策（并经员工确认），相关案件败诉的概率也极高。 3.员工入职时签订的普通的竞业限制协议和保密协议是否也可以加盖人力资源章？

应加盖公司公章。