公司依法仍需要承担其有薪的流产假工资，若因劳动者自身原因导致企业无法申请生育津贴报销的，企业可以申请劳动仲裁由劳动者承担损失补偿责任，企业不支付就涉及拖欠工资问题了。

《广东省职工生育保险规定》（粤府令第203号）施行日期：2015 年1月1日

第十七条 职工按照规定享受产假或者计划生育手术休假期间，其生育津贴由用人单位按照职工原工资标准逐月垫付，再由社会保险经办机构按照规定拨付给用人单位。有条件的统筹地区可以由社会保险经办机构委托金融机构将生育津贴直接发放给职工。

第二十一条 各统筹地区社会保险行政部门负责在职工基本医疗保险定点医疗机构范围内确定生育保险定点医疗机构。社会保险经办机构应当与生育保险定点医疗机构签订服务协议，并将全部已签订服务协议的生育保险定点医疗机构名单向社会公布。

第二十六条 累计参加生育保险满1年的职工在统筹地区内定点医疗机构施行计划生育手术，或者因急诊、抢救而在统筹地区内非定点医疗机构、统筹地区以外医疗机构施行计划生育手术的，其计划生育的医疗费用先由职工个人支付，待手术后1年内，凭享受生育保险待遇申请表、享受待遇人员的身份证明及参保凭证、相关医疗机构诊断证明、医疗费用明细和票据等材料向统筹地区社会保险经办机构申请报销。有条件的地方可以由社会保险经办机构与定点医疗机构直接结算。 第三十条 职工累计参加生育保险满1年并且用人单位已向其垫付生育津贴的，用人单位可在职工生育或者施行计划生育手术的次月起1年内向统筹地区社会保险经办机构申请拨付生育津贴。 申请拨付女职工生育享受产假的生育津贴，应当提供享受生育保险待遇申请表、享受待遇人员的身份证明、婴儿出生证明或者死亡证明、用人单位垫付生育津贴的凭证、符合计划生育规定的证明。难产、生育多胞胎或者终止妊娠的，还应当提供医疗机构的诊断证明。 申请拨付职工享受计划生育手术休假的生育津贴，应当提供享受生育保险待遇申请表、享受待遇人员的身份证明、用人单位垫付生育津贴的凭证和医疗机构的诊断证明。 统筹地区规定由金融机构直接发放生育津贴的，按照其规定执行。

广东省工资支付条例（2016修正）

第十五条因劳动者过错造成用人单位直接经济损失，依法应当承担赔偿责任的，用人单位可以从其工资中扣除赔偿费，但应当提前书面告知扣除原因及数额；未书面告知的不得扣除。扣除赔偿费后的月工资余额不得低于当地最低工资标准。