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背景：
1.我们工厂A收购了在深圳的另外一家工厂B（工厂的产品不同，业务不同）
2.B工厂的员工的劳动关系需转移到A工厂，A工厂承认B工厂工龄
3.两个工厂的员工的工资结构不同。比如同样时薪制员工，工厂A有岗位津贴，工厂B没有。工厂B有全勤奖，工厂A 没有
4.未来两个工厂做合并的时候，才可能会调整工资结构，目前暂不调整，仅做劳动关系转移
5.两个工厂都在独立运行中，这样运行将持续一段时间。
此时，B工厂的员工迁移劳动关系到A工厂，员工管理适用于A工厂的员工手册及其他规章制度。A工厂员工手册仅明确了员工的工资结构由基本工资+补贴构成。更详尽工资科目在劳动合同上约定。
假设 两边工厂都是操作工（工作内容不同）的岗位，A工厂的操作工工资结构：底薪+餐补+岗位津贴+考核奖金，B工厂的操作工工资结构：底薪+餐补+全勤奖+考核奖金。奖金制度和标准也不一样。
两个工厂的员工在一个法律主体的劳动关系下，受限于同样的规章制度。A，B工厂是否还沿用原本各自薪资结构。这样做，是否有法律风险？
比如：AB的员工是否可以主张选择更趋向自己利好的薪资结构，这样的主张是否会得到支持？
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