劳动者在受托事项完成后，因未及时报销冲账与单位发生纠纷，应由单位按其内部财会制度处理。若劳动合同事先有约定按照公司财务制度可以扣除的,则可以依据深圳市员工工资支付条例第34条第三项的规定进行扣除,不然无规定也无约定的情况下会存在一定的风险,建议先行和员工进行协商处理,协商不成的,若有借款的证据可以先行扣除,员工不服的就仲裁处理.到时以仲裁处理意见为准.(以事先有劳动合同约定或规章制度规定为前提)

不过无约定,无规定的,司法实践的经验是单位扣了再说，员工要投诉要工资公司就报警告他职务侵占.

深圳市员工工资支付条例(2019修正)

第三十四条用人单位可以从员工工资中扣减下列费用：

(一)员工赔偿因本人原因造成用人单位经济损失的费用;

(二)用人单位按照依法制定的规章制度对员工进行的违纪经济处罚;

(三)经员工本人同意的其他费用。

用人单位每月扣减前款第一、二项费用后的员工工资余额不得低于最低工资。

《深圳市中级人民法院关于审理劳动争议案件的裁判指引》【深中法发〔2015〕13号

五、 职工履行职务在单位借款挂帐发生的纠纷，一方以劳动争议或以其他理由向人民法院起诉的，裁定不予受理;已受理的，裁定驳回起诉。

《最高人民法院关于职工执行公务在单位借款长期挂账发生纠纷法院是否受理问题的答复》【发文字号：[1999]民他字第4号】【实施日期】1999.04.05

同意你院审判委员会倾向性意见，即刘坤受单位委派，从单位预支15000元处理一起交通事故是职务行为，其与单位之间不存在平等主体间的债权债务关系，人民法院不应作为民事案件受理。刘坤在受托事项完成后，因未及时报销冲账与单位发生纠纷，应由单位按其内部财会制度处理。