加班费计算基数可自行约定吗？

案情简介

江苏苏州园区某两家日资电子、电工企业互为关联企业，生产同样品牌的电子产品零部件。两家企业制造部的助理工程师薪资结构相同，均为如下计算方式：基本工资（2000元）+岗位补贴（1000元）+浮动绩效工资（0—500元）。两家企业关于加班工资的处理方式也相同，即按照基本工资2000元作为加班费的计算基数。电子企业与制造部操作工约定加班费计算基数为基本工资2000元，而电工企业与制造部操作工则没有此种约定。随后，两企业分别有一名员工离职，并同时对企业此种加班费计算方式表示异议，均向公司主张加班费计算基数至少应当按照基本工资2000元加上岗位补贴1000元之和3000元来计算。两名员工同时向当地劳动监察部门进行投诉，当地劳动监察部门责令该电工企业按照3000元基数标准重新计算加班费，并向该员工补发了加班费的相应差额，而对电子企业则未作处理。